Colombian consensus on the diagnosis, treatment, and prevention of Candida Spp. disease in children and adults, / Consenso Colombiano Para el Diagnóstico, Tratamiento y Prevención de la Enfermedad por Candida Spp. en Niños y Adultos

Invasive Candidiasis (IC) and candidemia (as its most frequent manifestation) have become the main cause of opportunistic mycosis at hospital settings. This study, made by members of the Colombian Association of Infectious Diseases (ACIN), was aimed at providing a set of recommendations for the management, follow-up and prevention of IC / candidemia and mucous membrane candida infection in adult, pediatric and neonatal patients in a hospital setting, including the hemato-oncological and critical care units. All the data obtained through an exhaustive search were reviewed and analyzed in a comprehensive manner by all the members of the group, and the recommendations issued are being made after a careful review of the scientific literature available and the consensus of all specialists involved; the emergence of Candida Spp. problem is highlighted and a correct orientation to health professionals regarding the management of patients with candidiasis is provided in a rational and practical way, emphasizing patient evaluation, diagnostic strategies, prophylaxis, empirical treatment, directed treatment and preventative therapy.

La Candidiasis Invasora (CI) y la candidemia, como su manifestación más frecuente, se ha convertido en la principal causa de micosis oportunista a nivel hospitalario. Este manuscrito realizado por miembros de la Asociación Colombiana de Infectología (ACIN), tuvo como objetivo proporcionar un conjunto de recomendaciones para manejo, seguimiento y prevención de la CI/candidemia y de la infección candidiásica de mucosas, en población adulta, pediátrica y neonatal, en un entorno hospitalario, incluyendo las unidades hemato-oncológicas y unidades de cuidado crítico. Todos los datos obtenidos mediante una búsqueda exhaustiva, fueron revisados y analizados de manera amplia por todos los miembros del grupo, y las recomendaciones emitidas se elaboraron luego de la evaluación de la literatura científica disponible, y el consenso de todos los especialistas involucrados, reconociendo el problema de la emergencia de las infecciones por Candida Spp. y brindando una correcta orientación a los profesionales de la salud sobre el manejo de pacientes con enfermedad candidiásica, de una forma racional y práctica, enfatizando en la evaluación del paciente, estrategias de diagnóstico, profilaxis, tratamiento empírico, tratamiento dirigido y terapia preventiva.

Recovery of environmental Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii in Cúcuta and association with clinical isolates / Recuperación de Cryptococcus neoformans y C. gattii ambientales y su asociación con aislados clínicos en Cúcuta, Colombia

ABSTRACT Objective. Isolate, identify and molecularly characterize pathogenic Cryptococcus isolates for humans from environmental and clinical samples from the city of Cúcuta. Materials and methods. A total of 1300 samples were collected from 446 trees of 10 different species in 10 public areas of Cúcuta. Concomitantly, clinical isolates of Cryptococcus neoformans were obtained (June 2016-June 2017). The samples were cultivated in Guizottia abysinica seed medium and were then biochemically identified and characterized by PCR fingerpinting and RFLP of the URA5 gene. Results. C. neoformans displayed an environmental prevalence of 4.3% (19 positive individuals), and that of C. gattii was 0.2% (1 positive individual); this yielded a total of 20 Cryptococcus-positive trees and 21 isolates (two from the same individual). Santander Park registered 47.6% of the global prevalence (10/21 isolates), followed by La Victoria Park with 23.8% (5/21 isolates), corresponding to C. neoformans. One C. gattii isolate was collected from a Ficus benjamina tree located in Mercedes Ábrego Park. Genotypic analysis revealed the presence of C. neoformans var. grubii VNI in 85.7% of environmental isolates as well as 100% of clinical isolates. VNII and VGII molecular types represented 9.5% and 4.8% of the environmental isolates, respectively. Conclusions. The longitudinal sampling of previously reported environmental niches of the fungus reveals its presence and suggests that permanent monitoring is required both in the environment and in patients, especially in endemic areas of the city.

RESUMEN Objetivo. Aislar, identificar y caracterizar molecularmente aislamientos de Cryptococcus patógenos para humanos a partir de muestras ambientales y clínicas de la ciudad de Cúcuta. Materiales y métodos. Se recolectaron 1300 muestras de 446 árboles de 10 especies diferentes, en 10 zonas públicas de Cúcuta. Concomitantemente, se obtuvieron aislados clínicos de Cryptococcus neoformans (junio de 2016-junio de 2017). Se realizó cultivo en agar semillas de Guizottia abysinica, posterior identificación bioquímica y caracterización genética mediante PCR-huella Digital y RFLP-URA5. Resultados. Se determinó prevalencia ambiental para C. neoformans de 4.3% (19 individuos positivos) y C. gattii de 0.2% (1 individuo positivo), para un total de 21 aislados y 20 árboles positivos. El parque Santander registró el 47.6% de la prevalencia global (10/21 aislados), seguido del parque La Victoria con 23.8% (5/21 aislados), correspondientes a C. neoformans. Se obtuvo un aislado de C. gattii en un individuo Ficus benjamina del parque Mercedes Ábrego. El análisis genotípico reveló presencia de C. neoformans var. grubii VNI en el 85.7% de los aislados ambientales, así como en el 100% de los clínicos, seguido de VNII y VGII en 9.5% y 4.8% de los aislados ambientales, respectivamente. Conclusiones. El muestreo longitudinal de los nichos ambientales previamente reportados del hongo revela su presencia y sugiere que se requiere una vigilancia permanente tanto en el medio ambiente como en los pacientes, especialmente en las zonas endémicas de la ciudad.

Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species / Análisis de concordancia de diferentes metodologías para la identificación de aislamientos orales de especies de Candida

Abstract Background: The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia. Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis. Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida, Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price. Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida.

Resumen Introducción: La clasificación a nivel de especies de las levaduras del género Candida de origen clínico es fundamental para el diagnóstico y la instauración de un adecuado tratamiento para el paciente. Se realizó un estudio de concordancia de cinco metodologías usadas para la identificación de aislamientos orales de Candida spp en Colombia. Métodos: Sesenta y siete aislamientos de Candida spp fueron identificados a nivel de especie utilizando; API® 20 C AUX‚ Vitek® 2 Compact, MALDI TOF (Vitek® MS y Microflex®) y una prueba molecular, PCR Panfungal y secuenciación. Un análisis del costo comercial y tiempo de procesamiento de las muestras por cada método fue realizado mediante el análisis gráfico de ambas variables. Resultados: La PCR Panfungal y secuenciación diferenció 12 especies de Candida‚ los métodos Vitek® MS y Microflex® identificaron 9 especies y los métodos API® 20 C AUX y Vitek® 2 Compact identificaron 8 especies. El análisis de Kappa ponderado (wK) demostró una concordancia alta entre los métodos PCR Panfungal y secuenciación‚ Vitek® MS‚ Microflex® y API® 20 C AUX‚ concordancias agrupadas en las categorías buena y muy buena (wK 0.62 - 0.93); los Kp que involucraron el método Vitek® 2 Compact presentaron concordancias moderadas o buenas frente a los otros métodos (wK 0.56 - 0.73). Las metodologías basadas en MALDI TOF MS requirieron 4 minutos para generar un resultado y el método Microflex® fue el método que en nuestro medio presentó el menor precio de venta del servicio. Conclusión: Los métodos evaluados presentaron una alta concordancia en sus resultados‚ siendo más alta para los métodos moleculares y las metodologías basadas en MALDI TOF MS; estas últimas son metodologías más rápidas, económicas y precisas, las cuales se presentan como alternativas prometedoras para la identificación rutinaria de especies de levaduras del género Candida.

FRECUENCIA DE LA COLONIZACIÓN POR PNEUMOCYSTIS JIROVECII EN PACIENTES CON ENFERMEDAD PULMONAR OBSTRUCTIVA CRÓNICA EN BOGOTÁ, COLOMBIA / Pneumocystis jirovecii colonization frequency in Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) patients in Bogota, Colombia

Antecedentes: la colonización por Pneumocystis jirovecci (P. jirovecii) se ha postulado como causa de deterioro de la función pulmonar en pacientes con Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC). Se desconocía la frecuencia de aparición de la colonización por P. jirovencii en esa población en Colombia. Objetivo: documentar la frecuencia de colonización por P. jirovecii en mayores de 40 años con EPOC excluyendo a los pacientes que requirieran manejo inmunosupresor y a las personas infectadas por el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH). Materiales y métodos: se trató de un estudio de corte transversal, que contó con muestreo no probabilístico por conveniencia y selección continua de pacientes. Se realizó PCR (reacción en cadena de polimerasa) en tiempo real (rt-PCR) del esputo inducido con el Kit LighMix de P. jirovecii (Roche®-Suiza) amplificándose un fragmento de 244 pares de bases a partir del gen de la glicoproteína de superficie del hongo. Resultados: para una muestra de 52 pacientes en total, se documentó una frecuencia de colonización del 15,4% en todos los participantes mayores de 65 años, quienes además presentaron altos índices de sintomatología según la escala modificada Medical Research Council (MR Cm) y el cuestionario de evaluación de la EPOC (CAT). La mayoría de pacientes analizados se clasificó como GOLD D (63%) en la clasificación por la Iniciativa Global para la EPOC. Conclusiones: la frecuencia de colonización por P. jirovecii en pacientes con EPOC detectada por rt-PCR en el esputo inducido fue del 15,4%. Este constituye el primer estudio colombiano que evalúa la frecuencia de colonización del hongo.

Background: Pneumocystis jirovecii colonization has been proposed as the explanation for lung function decline in patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD). The colonization frequency due to Pneumocystis jirovecii in this group of patients was yet unknown in Colombia. Objective: To document the frequency of colonization in patients over 40 years old with COPD diagnosis. The study excludes patients who require immunosuppressive treatment and who are infected with Human Immunodeficiency Virus (HIV). Materials and methods: A cross-sectional study was held, using non-probabilistic convenience sampling with continuous patient selection. Real time PCR (rt-PCR) of P. jirovecii was performed in an induced sputum sample, the fragment of 244 base pairs from the major surface glycoprotein gene of the fungus was amplified using the LighMix Kit (Roche®-Switzerland). Results: From the sample of 52 patients, we found a frequency of colonization of 15.4%. All colonized patients were over 65 years old with high symptomatology levels according to the modified Medical Research Council scale (MRCm), and the COPD Evaluation Test (CAT). Most of the colonized patients were classified as GOLD D (63%), as rated by the Global Initiative for COPD. Conclusions: The colonization frequency due to P. jirovecii in COPD patients detected by rt-PCR in induced sputum was 15.4%. This is the first study to assess the frequency of P. jirovecii colonization in Colombia.

Evaluación de actividades enzimáticas de Fusarium spp., aislados de lesiones en humanos, animales y plantas / Avaliação das atividades enzimáticas de Fusarium spp. Isolados a partir de lesões em humanos, animais e plantas / Assessment of enzymatic characterization of Fusarium spp. isolated from human, animal, and plant rounds

Objetivo. Determinar actividades amilolíticas, celulolíticas, lipolíticas, pectinolíticas y proteolíticas en 32 aislamientos de Fusarium spp. de origen humano, animal y vegetal. Materiales y métodos. Las actividades enzimáticas se determinaron a nivel cualitativo, por medio de la medición de halos de hidrólisis en placas de agar con el respectivo sustrato, y a nivel cuantitativo se realizó un cultivo líquido para determinar la degradación del respectivo sustrato por medio de técnicas colorimétricas. Resultados. Todos los aislamientos presentaron actividades enzimáticas a nivel cualitativo, excepto las amilolíticas y lipolíticas. La determinación a nivel cuantitativo fue posible para las enzimas evaluadas, a excepción de las lipasas. Conclusión. La determinación de los perfiles enzimáticos amilolíticos, celulolíticos, pectinolíticos y proteolíticos de cada uno de los aislamientos evaluados pertenecientes al género Fusarium sugirió su capacidad, indistintamente de su procedencia, de degradar estos sustratos...

Assessment of enzymatic characterization of Fusarium spp. isolated from human, animal, and plant wounds. Objective. To determine amylolytic, cellulolytic, lipolytic, pectinolytic and proteolytic activities in 32 Fusarium spp. isolates from humans, animals and plants. Materials and methods. Qualitative determination of enzymatic activities was done by measuring hydrolysis halos in agar plates with their corresponding substrate. Quantitative determination was done by colorimetric techniques, using liquid culture supernatants to determine the respective substrate degradation. Results. All isolates showed enzymatic activities from a qualitative point of view, except amylolytic and lipolytic. Quantitative determination was possible for all the evaluated enzymes except lipases. Conclusion. The determination of amylolytic, cellulolytic, pectinolytic and proteolytic enzymatic profiles of each of the Fusarium isolates assessed suggests their capacity to degrade these substrates, irrespectively of their origin...

Avaliação das atividades enzimáticas de Fusarium spp. Isolados a partir de lesões em humanos, animais e plantas. Objetivo. Determinar as atividades amilolíticas, celulolíticas, lipolítica, pectinolíticas e proteolíticas em 32 isolamentos de Fusarium spp. de origem humana, animal e vegetal. Materiais e métodos. As atividades enzimáticas foram determinadas a nível qualitativo medindo os halos de hidrólise em placas de agar com o substrato respectivo e a nível quantitativo realizou-se uma cultura líquida para determinar a degradação do substrato respectivos por meio de técnicas colorimétricas. Resultados. Todos os isolados apresentaram uma atividade enzimática a nível qualitativo, exceto as amilolíticas e lipolíticas. A determinação a nível quantitativo foi possível para as enzimas testadas, exceto para as lipases. Conclusão. A determinação de perfis enzimáticos amilolíticos, celulolíticos, pectinolíticos e proteolíticos de cada um dos isolados testados pertencentes ao gênero Fusarium, sugeriu sua capacidade, independentemente da sua origem, para degradar estes substratos...